被迫在linux上用R(真的很難用啊)之如何在linux上正常使用R

總有一些情況,讓你不得不在linux上使用R。。。

在我不斷試錯,不斷嘗試過程中(恩,新手瘋狂踩坑)
發現最簡單的辦法是:
1 mamba創建一個新環境,在新環境中使用R
2 轉變思維,都在linux上使用R了,就不要想著可視化,別像win上那樣安裝一個包就install.packages()。
這里巨坑,因為,首先可能會安裝到默認環境中的R中,而不是指定環境中;其次,存在依賴下載不全或版本不符合導致安裝不成功。
3 所以,轉變成linux下載軟件的形式,
直接用mamba下載所需包,比如:

 mamba install -c conda-forge r-rlang r-readr r-dplyr

部分安裝過程:

 Updating specs:- r-rlang- r-readr- r-dplyr- ca-certificates- opensslPackage          Version  Build          Channel                                                      Size
──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────Install:
──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────+ r-hms            1.1.3  r44hc72bb7e_2  conda-forge                                                 109kB+ r-tidyselect     1.2.1  r44hc72bb7e_1  conda-forge                                                 219kB+ r-clipr          0.8.0  r44hc72bb7e_3  conda-forge                                                  70kB+ r-generics       0.1.4  r44hc72bb7e_0  conda-forge                                                  90kB+ r-assertthat     0.2.1  r44hc72bb7e_5  conda-forge                                                  72kB+ r-prettyunits    1.2.0  r44hc72bb7e_1  conda-forge                                                 160kB+ r-progress       1.2.3  r44hc72bb7e_1  conda-forge                                                  95kB+ r-tzdb           0.5.0  r44h93ab643_0  mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge     553kB+ r-bit            4.6.0  r44h2b5f3a1_0  mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge     622kB+ r-dplyr          1.1.4  r44h0d4f4ea_1  mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge       1MB+ r-bit64        4.6.0_1  r44h2b5f3a1_0  mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge     504kB+ r-vroom          1.6.5  r44h0d4f4ea_1  mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge     874kB+ r-readr          2.1.5  r44h0d4f4ea_1  mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge     811kB

或者是這種

mamba install -c bioconda bioconductor-genomation

部分安裝過程:

  Updating specs:- bioconductor-genomation- ca-certificates- opensslPackage                    Version  Build             Channel                                                      Size
───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────Install:
───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────+ bioconductor-impute       1.80.0  r44h4d5c4aa_1     bioconda                                                    689kB+ r-plotrix                  3.8_4  r44hc72bb7e_1     mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge       1MB+ r-gridbase                 0.4_7  r44hc72bb7e_1006  mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge     179kB+ bioconductor-bsgenome     1.74.0  r44hdfd78af_0     bioconda                                                      7MB+ bioconductor-seqpattern   1.38.0  r44hdfd78af_0     bioconda                                                      4MB+ bioconductor-genomation   1.38.0  r44he5774e6_0     bioconda                                                      3MBSummary:Install: 6 packagesTotal download: 16MB

恩,只要網絡好,就能成功下載下來。

然后再在R腳本開頭加上一行這個(你的環境的絕對路徑):

.libPaths(c("/storage2/xxx/mambaforge/envs/genome/lib/R/library", .libPaths()))

目的是讓運行R腳本時,用的庫是這個環境下的庫,而不是bace環境下的庫。

再運行R的腳本,就沒問題了。

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