自指即自我指涉，即自己的描述關聯到了自己，典型例子是“這句話是假話”這個悖論。人類對自指的研究由來已久，很多概念、定理都與之相關，由于它的巧妙性，很多學者對其展開了深入研究，并且認為自指是理解宇宙的關鍵或者說捷徑。一個顯而易見的事實是，我們都是宇宙的產物，并且在宇宙內部研究宇宙萬物，這本身就是一個自指。然而，大多數人都沒有取得太大進展，根本原因是自指是一種特殊、極端的情況，而大多數事物都是一般情況，自指體現得并不明顯，或者說需要使用一些方法將其還原為自指，這樣才能夠用自指理解世界的一切。

自指之所以存在，在于描述一般都是描述自己之外的事物，但是突然描述回自身。然而，雖然描述的不是自身，其實也是一種一般性的自指，即描述的是和自身相關的事物，從更高的層次來說，指和被指的都是宇宙的產物。也就是說，無論我們在描述什么，其實都是在描述自身。我們和其它事物是同根同源的，我們本應該很容易理解其它事物，但是事實上獲得的幫助很有限，是因為我們沒有領悟自指的本質并且將自指一般化。

自指的基礎是事物出現了分離但是又存在聯系。只有分離才會有“指”的過程，否則只有一個整體無法“指出去”，自指的特殊在于“指出去”之后又會“指回來”，也就是和自身又產生了聯系。“指出去”蘊含的意思便是“離開自身”，但是結果卻又是“回到自身”，這本身也是一種分離（或者可以理解為矛盾）。

因此，既分離又有聯系的現象都可以視為自指的一般情況，可以作為理解宇宙的基元。例如“重復”——同樣的情況再次出現。可以理解為兩個獨立的相同的事物，獨立體現了它們的分離（作為宇宙的一部分它們原本是一個整體），相同說明它們存在聯系。更詳細的分析可以參考：智能的本質是遞歸。

世界上所有現象都可以還原為基元的組合。例如，計算從1加到100，首先發現對稱的規律:1和100、2和99……然后得到相同的值:1+100=2+99=……最后完成相同的值的累積:101*50=5050。為什么發現對稱后的下一步不是相反、重疊等其他類型的基元呢？因為存在著另一種相同，即1和100都是正數，在一定程度上是因為這種相同導致了對稱后的下一步是相同，這本身是一種遞歸。如果相加的數是1,2,3,……,-2,-3,0則會得到相反的值：1+0=1, 2+(-3)=-1, 3+(-2)=1,……然后利用相反使相鄰項相消。

還原為基元的組合仍然過于復雜了，因為不同的場景有不同的基元組合，需要我們去研究，能否找到基元組合的規律？

首先，基元的分離和聯系都保持在合理的程度，過于分離則會變得死寂，聯系過于緊密則會導致缺少變化，宇宙的巧妙之處在于能夠恰好找到這中間的平衡。基元的組合其實是在擬合這種平衡，這形成了和宇宙的這種平衡之間的一種聯系，從而能夠穩定存在并且創造既不單調也不死寂的現象。

其次，雖然基元可以以任意方式排列組合，但是有些情況也幾乎不會或者很少出現。這是因為基元的組合本身也是自指的體現，它們也需要遵循一些相似、重復等自指現象。之所以是這樣是因為宇宙是一個簡潔、高效系統，能夠實現少量的信息產生大量變化，而基元的自相似等特性很好地滿足了這一點。

當我們理解基元時，會發現相反的基元總是同時出現，也就是事物都是蘊含著矛盾的。例如，當兩個事物相加，我們知道它們都屬于宇宙，本身是一個整體，但是加起來后二者組成了一個更緊密整體，其實也是一種分離，和宇宙中的其它事物區分開。