1. 整體處理思路
整體處理流程如圖所示,概括來說就是:根據標注信息將WSI區分為腫瘤區域和正常區域,對這個區域進行采樣裁剪得到具有Patch級別標簽的Patch。
當然,這里的Patch標簽是根據標注信息決定的,如果標注的是癌癥亞型信息,那么也可以將不同亞型的Patch區分出來。
那么下面就對每個步驟進行介紹以及提供具體的Python代碼。
2.詳細步驟(提供代碼)
2.0 標注文件示例
以下是用QuPath軟件標注的肺癌WSI示例,圖中紅色區域是腫瘤區域。(聲明:腫瘤區域的標注沒有任何根據,僅用作下面步驟的可視化演示!!!)
2.1 掩碼文件的制作
這一步能夠明確哪些區域屬于腫瘤區域,并排除背景區域等無關的部分。