【服務器R環境架構】基于 micromamba下載 R 庫包

目錄

  • 準備工作:下載并安裝R環境
    • 下載并安裝R環境
      • 方式1:下載 .tar.bz2 壓縮包進行解壓執行(官方推薦)
      • 方式2:
    • 創建并激活R環境
  • 下載R庫包
    • 安裝CRAN包
    • 在 micromamba 中安裝 GitHub 包(如 BPST)
  • 參考

準備工作:下載并安裝R環境

下載并安裝R環境

方式1:下載 .tar.bz2 壓縮包進行解壓執行(官方推薦)

📦 不再下載單個裸文件,而是下載完整 Linux 發行包

# 進入下載目錄
cd ~/Downloads# 下載 micromamba 的壓縮包(linux-64)
wget https://micromamba.snakepit.net/api/micromamba/linux-64/latest -O micromamba.tar.bz2# 創建 micromamba 文件夾
mkdir -p micromamba# 解壓到文件夾中
tar -xvjf micromamba.tar.bz2 -C micromamba# 查看是否有 bin/micromamba 可執行文件
ls micromamba/bin/

? 執行 micromamba

# 賦予執行權限
chmod +x micromamba/bin/micromamba# 測試是否能正常運行
./micromamba/bin/micromamba --version

方式2:

? 默認路徑如下:

~/.micromamba/envs/r_gdal_env/

或(如果是手動解壓運行):

~/micromamba/envs/r_gdal_env/

運行以下命令查看路徑:

./micromamba/bin/micromamba env list

創建并激活R環境

./micromamba/bin/micromamba create -n r_gdal_enveval "$(./micromamba/bin/micromamba shell hook -s bash)"
micromamba activate r_gdal_env

下載R庫包

📋 檢查腳本(復制粘貼到 R 中運行):

# 要檢查的包列表
pkgs <- c("MGLM", "BPST", "Triangulation", "spgwr", "robustHD","raster", "rgdal", "tictoc", "osqp", "doParallel", "parallel")# 檢查哪些包已安裝
installed <- sapply(pkgs, requireNamespace, quietly = TRUE)# 輸出結果
cat("📦 安裝狀態檢查結果:\n")
for (pkg in names(installed)) {status <- if (installed[pkg]) "? 已安裝" else "? 未安裝"cat(sprintf("? %s: %s\n", pkg, status))
}

安裝CRAN包

./micromamba/bin/micromamba activate r_gdal_env
./micromamba/bin/micromamba install -c conda-forge r-mglm r-spgwr r-robusthd r-raster r-osqp r-tictoc r-doparallel -y

注意:parallel 是 base R 自帶包,不需要安裝。

在 micromamba 中安裝 GitHub 包(如 BPST)

Step 1:在 micromamba 環境中安裝 devtools 及依賴

./micromamba/bin/micromamba activate r_gdal_env# 安裝 devtools 及其依賴
./micromamba/bin/micromamba install -c conda-forge r-devtools libgit2 -y

減少每次安裝的包數量,有利于依賴解析:

# 先安裝 libgit2
micromamba install -c conda-forge libgit2 -y# 再安裝 devtools
micromamba install -c conda-forge r-devtools -y

Step 2:在 R 中使用 devtools 安裝 GitHub 包

devtools::install_github("FIRST-Data-Lab/BPST")# 安裝 BPST 和 Triangulation
install.packages("devtools")   # 如果未安裝
library(devtools)install_github("FIRST-Data-Lab/Triangulation")
install_github("FIRST-Data-Lab/BPST")

Step 3:驗證是否成功

library(BPST)
library(Triangulation)

參考

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