https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER

安裝

# 第一次打開會pull這個docker
docker run --user 1000:100 --rm -it teambraker/braker3:latest bash
bash /opt/BRAKER/example/docker-tests/test3.sh

braker.gtf：BRAKER 的最終基因集。

braker.codingseq：包含編碼序列的最終基因集，格式為 FASTA

braker.aa：包含蛋白質序列的最終基因集，格式為 FASTA

braker.gff3：最終基因集，以 gff3 格式輸出（僅當向 BRAKER 指定了標志?--gff3?時才會生成）。

?正式運行

conda create -n RepeatMasker
conda activate RepeatMasker
mamba install -c bioconda repeatmodeler
conda install bioconda::repeatmasker# Step 1: 建立數據庫（只做一次）
BuildDatabase -name Trichosporon_faecale_db GCA_039545375.1_JCM_2941_assembly_v001_genomic.fna# Step 2: 運行 RepeatModeler
RepeatModeler -database Trichosporon_faecale_db -pa 8# Step 3: 運行 RepeatMasker
RepeatMasker -pa 8 -lib ${上一步結果文件}/consensi.fa.classified -xsmall -gff GCA_039545375.1_JCM_2941_assembly_v001_genomic.fna# 得到.fna.masked文件
# BRAKER3
docker run --user 1000:100 --rm -it -v ${掛載的文件夾}:/home/jovyan/work teambraker/braker3:latest bash# BRAKER3 開始
cd /home/jovyan/work
braker.pl \--genome=GCA_039545375.1_JCM_2941_assembly_v001_genomic.fna.masked--prot_seq=GCF_000293215.1_Trichosporon_asahii_1_genomic.faa