問題及解決方法

1. IGV.js 完全本地化是為了合規，不使用外網的情況下查看基因組。
2. 不聯網需要下載 genomes.json 文件及其中的內容之外，還需要修改 igv.js本身，防止5s超時后才顯示網頁內容。修改的關鍵詞是: genomes.json，改為本地的。
3. 這時搜索功能障礙，可以搜索定位 chr1:12345 這樣的位點，不能搜索EGFR 這樣的基因字符串。還是要修改js文件，具體方法見下文。

版本號: igv.version() #'2.15.10'

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怎么本地支持搜索？

1. 需要修改的地方

(1) 線索1a：該函數的返回值是什么類型的？

function searchWebService(browser, locus, searchConfig){ //57722//const result = await igvxhr.loadString(path, options);//
}

(2) 線索1b: 先看參數類型

igvxhr.loadString(path, options); // line 57728
debug wjl: 1 EGFR https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFR {timeout: 5000}
參數cocus: EGFRpath: https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFRoptions: {timeout: 5000}

(3) 線索1c: 返回值
不確定，只能根據代碼推測

	return this._loadStringFromUrl(path, options)async _loadStringFromUrl(url, options) {options = options || {};options.responseType = "arraybuffer";const data = await this.load(url, options);return arrayBufferToString(data)}this.load(url, options); 中引用的是return this._loadURL(url, options) //18672xhr.send(sendData); //18825

(4) 線索1d: ajax 的請求鏈接

url: 'https://igv.org/genomes/locus.php?genome=$GENOME$&name=$FEATURE$', //57547
https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFR 

2. 從下文代碼找線索，需要什么數據？

(1) 線索2a: 下一行怎么使用該數據？

	const locusObject = processSearchResult(browser, result, searchConfig);找到最相關的 const locusObject = {chr, start, end}; //57796const result = //手動設置，確認格式 //57731

這里很關鍵

(2) 線索2b: 該函數調用 parseSearchResults

function processSearchResult(browser, result, searchConfig) { //57750
if ('plain' === searchConfig.type) {console.log("debug wjl: 4", result, searchConfig ) // ===>>>>debug 11223344results = parseSearchResults(browser, result); 
}

(3) 線索2c: 這是最終格式

     * Parse the igv line-oriented (non json) search results.* Example*    EGFR    chr7:55,086,724-55,275,031    refseqfunction parseSearchResults(browser, data) { //57827}

(4) 這個格式怎么修改？ 就是 refseq的第13，3，5和第6列。

$ zcat ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk '{print $13"\t"$3":"$5"-"$6"\trefseq"}' | grep "EGFR" | head -n1
EGFR    chr7:55019016-55156939  refseq

(5) 回退到上一步

57843行 line="EGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq"
57731 const result = "EGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq"
57547 url: 'https://igv.org/genomes/locus.php?genome=$GENOME$&name=$FEATURE$',

(6) 設置一個支持cors的、返回字符串的服務器，返回值是

zcat /home/wangjl/soft/scIGV/ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk '{print $13"\t"$3":"$5"-"$6"\trefseq"}' | grep "CCND1" | head -n 1

其他關鍵技術點：

• flask 在后臺執行 linux 命令
• flask返回支持cors的字符串
• 支持cors和range的bam大文件服務器

幸運的是，這些之前都解決過。