【數據分析】轉錄組基因表達的KEGG通路富集分析教程

禁止商業或二改轉載,僅供自學使用,侵權必究,如需截取部分內容請后臺聯系作者!

在這里插入圖片描述

文章目錄

    • 介紹
      • 差異分析(limma)
      • KEGG富集分析(enrichKEGG)
      • 可視化
    • 加載R包
    • 數據下載
    • 導入數據
    • 基因差異分析
    • 火山圖
    • KEGG通路富集分析
    • 可視化通路結果
    • 另一個案例
    • 總結
    • 系統信息
    • 參考

介紹

KEGG富集分析,可以發現差異基因所涉及的生物學通路,從而深入了解在特定生物學過程中起關鍵作用的分子機制。例如,在疾病發生發展過程中,哪些代謝通路或信號通路發生了改變,有助于揭示疾病的發病機制。

富集分析結果可以為后續的實驗研究提供方向和依據。研究人員可以根據富集的通路選擇相關的基因或通路進行深入的功能驗證實驗,如基因敲除、過表達等,進一步探索其在生物學過程中的具體作用。

在疾病相關的轉錄組研究中,KEGG富集分析有助于發現與疾病發生發展密切相關的通路和基因,這些通路和基因可能成為潛在的治療靶點,為藥物研發和治療策略的制定提供參考。通過對比不同樣本或處理組間的KEGG富集結果,可以直觀地了解它們在生物學通路層面的差異,有助于理解不同因素對生物系統的影響。

差異分析(limma)

  • 原理:limma(linear models fo

本文來自互聯網用戶投稿,該文觀點僅代表作者本人,不代表本站立場。本站僅提供信息存儲空間服務,不擁有所有權,不承擔相關法律責任。
如若轉載,請注明出處:http://www.pswp.cn/bicheng/72729.shtml
繁體地址,請注明出處:http://hk.pswp.cn/bicheng/72729.shtml
英文地址,請注明出處:http://en.pswp.cn/bicheng/72729.shtml

如若內容造成侵權/違法違規/事實不符,請聯系多彩編程網進行投訴反饋email:809451989@qq.com,一經查實,立即刪除!

相關文章

關于sqlalchemy的使用

關于sqlalchemy的使用 說明一、sqlachemy總體使用思路二、安裝與創建庫、連結庫三、創建表、增加數據四、查詢記錄五、更新或刪除六、關聯表定義 說明 本教程所需軟件及庫python3.10、sqlalchemy安裝與創建庫、連結庫創建表、增加數據查詢記錄 一、sqlachemy總體使用思路 在…

在 IntelliJ IDEA 中使用 JUnit 進行單元測試

1. 介紹 JUnit JUnit 是 Java 語言中最流行的單元測試框架之一。它基于 xUnit 設計模式,支持 測試自動化、斷言(Assertions)和測試生命周期管理,是 Java 開發中進行 TDD(測試驅動開發) 的重要工具。 JUni…

單片機的發展

一、引言 單片機自誕生以來,經歷了四十多年的風風雨雨,從最初的工業控制逐步擴展到家電、通信、智能家居等各個領域。其發展過程就像是一場精彩的冒險,每一次技術的革新都像是在未知的海域中開辟新的航線。 二、單片機的發展歷程 &#xff…

常見的博弈模型有哪些

常見的博弈模型有哪些 目錄 常見的博弈模型有哪些**1. 重復博弈(Repeated Game)****2. 進化博弈論(Evolutionary Game Theory)****3. 機制設計(Mechanism Design)****4. 微分博弈(Differential Game)****5. 貝葉斯博弈(Bayesian Game)****6. 合作博弈(Cooperative G…

【MySQL-數據類型】數據類型分類+數值類型+文本、二進制類型+String類型

一、數據類型分類 二、數值類型 1.bit類型 測試環境ubuntu 基本語法: bit[(M)]:位字段類型,M表示每個值的位數,范圍從1~64;如果M被忽略,默認為1舉例: create table testBit(id i…

golang從入門到做牛馬:第一篇-我與golang的緣分,go語言簡介

還記得2018年的夏天,剛畢業的我不知道該做些什么,于是自學了一周的go語言,想要找一份go語言工作的代碼,當時的go還沒有go mod來管理依賴包,在北京找了一個月的工作,找到了一個小公司做了后端開發,當然使用go語言開發,帶著興奮勁,年輕身體也好,邊努力學習,邊工作。 時…

【數據庫】MySQL常見聚合查詢詳解

在數據庫操作中,聚合查詢是非常重要的一部分。通過聚合查詢,我們可以對數據進行匯總、統計和分析。MySQL提供了豐富的聚合函數來滿足不同的需求。本文將詳細介紹MySQL中常見的40個聚合函數及其使用場景,并通過8個的案例展示它們的用法。 一、…

調研:如何實現智能分析助手(Agent)(AutoCoder、FastGPT、AutoGen、DataCopilot)

文章目錄 調研:如何實現智能分析助手(Agent)(AutoCoder、FastGPT、AutoGen、DataCopilot)一、交互流程二、數據流程三、架構分類四、開源產品4.1 AutoCoder(知識庫變體)4.2 FastGPT(…

【Vue CLI腳手架開發】——6.scoped樣式

文章目錄 一、scoped是什么二、應用案例1.使用代碼2.原理3父組件App未添加scoped影響 一、scoped是什么 我們知道vue為了防止css樣式污染&#xff0c;在每個組件中提供了 scoped屬性進行限定css作用域&#xff1b;當<style>標簽有 scoped 屬性時&#xff0c;它的 CSS 只…

高精算法的用法及其優勢

高精度問題是指當數據的位數非常大&#xff08;超出標準數據類型的范圍&#xff09;時&#xff0c;如何進行計算和存儲的問題。常見場景包括大整數的加、減、乘、除、取模等操作。以下是解決高精度問題的常用方法與技巧&#xff1a; 一、數據存儲 數組存儲 用整型數組存儲&am…

VM+CentOS虛擬機

關于VMCentOS虛擬機的配置和使用&#xff0c;可以參考以下博客中的詳細教程&#xff1a; **一、VMCentOS虛擬機配置** 1. **虛擬機網絡配置** - 在VMware中&#xff0c;點擊“編輯”→“虛擬網絡編輯器”&#xff0c;選擇VMnet8并進行相關設置。 - 子網IP可以改成如192.168.1…

設置 CursorRules 規則

為什么要設置CursorRules&#xff1f; 設置 CursorRules 可以幫助優化代碼生成和開發流程&#xff0c;提升工作效率。具體的好處包括&#xff1a; 1、自動化代碼生成 &#xff1a;通過定義規則&#xff0c;Cursor 可以根據你的開發需求自動生成符合規定的代碼模板&#xff0c…

pip install速度太慢的多種解決方案

目錄 問題描述為什么 pip 速度這么慢&#xff1f;解決方案1. 使用國內鏡像源2. 配置多個鏡像源3. 使用第三方工具4. 手動下載后本地安裝5. 優化網絡環境6. 更新 pip 版本 測試效果 問題描述 在使用 Python 進行開發時&#xff0c;我們經常需要使用 pip 來安裝第三方庫。然而&am…

Java阻塞隊列深度解析:高并發場景下的安全衛士

一、阻塞隊列的核心價值 在電商秒殺系統中&#xff0c;瞬時涌入的10萬請求如果直接沖擊數據庫&#xff0c;必然導致系統崩潰。阻塞隊列如同一個智能緩沖帶&#xff0c;通過流量削峰和異步解耦兩大核心能力&#xff0c;成為高并發系統的核心組件。 二、Java阻塞隊列實現類對比 …

基于RapidOCR與DeepSeek的智能表格轉換技術實踐

基于RapidOCR與DeepSeek的智能表格轉換技術實踐 一、技術背景與需求場景 在金融分析、數據報表處理等領域&#xff0c;存在大量圖片格式的表格數據需要結構化處理。本文介紹基于開源RapidOCR表格識別與DeepSeek大模型的智能轉換方案&#xff0c;實現以下典型場景&#xff1a; …

django中視圖作用和視圖功能 以及用法

在 Django REST Framework(DRF)中,視圖(View)是處理 HTTP 請求并返回響應的核心組件。DRF 提供了多種視圖類,適用于不同的場景和需求。以下是 DRF 中常見的視圖類及其作用、使用方法的詳細說明: 一、DRF 視圖的分類 DRF 的視圖可以分為以下幾類: 基于函數的視圖(Func…

希音(Shein)前端開發面試題集錦和參考答案

用 Node 寫過什么工具或 npm 包 在實際開發中,使用 Node 編寫過多種實用工具和 npm 包。 自動化構建工具 開發了一個簡單的自動化構建工具,用于處理前端項目的資源壓縮和合并。在前端項目中,為了優化性能,需要對 CSS 和 JavaScript 文件進行壓縮,減少文件體積,同時將多個…

C語言100天練習題【記錄本】

C語言經典100題&#xff08;手把手 編程&#xff09; 可以在嗶哩嗶哩找到 已解決的天數&#xff1a;一&#xff0c;二&#xff0c;五&#xff0c;六 下面的都是模模糊糊的 可以學學這些算法&#xff0c;我是算法白癡&#xff0c;但是我不是白癡&#xff0c;可以學&#xff…

迷你世界腳本文字板接口:Graphics

文字板接口&#xff1a;Graphics 彼得兔 更新時間: 2024-08-27 11:12:18 具體函數名及描述如下: 序號 函數名 函數描述 1 makeGraphicsText(...) 創建文字板信息 2 makeflotageText(...) 創建漂浮文字信息 3 makeGraphicsProgress(...) 創建進度條信息…

Crawl4AI: 賦能AI用戶的開源智能網頁爬蟲與數據提取

Crawl4AI: 賦能AI用戶的開源智能網頁爬蟲與數據提取 在當今人工智能時代&#xff0c;網絡爬蟲扮演著至關重要的角色。它們不僅是數據收集的強大工具&#xff0c;更是驅動機器學習、自然語言處理等技術發展的關鍵引擎。 然而&#xff0c;對于用戶來說&#xff0c;在面對復雜多…