ImageJ Nikon_科研論文作圖之ImageJ

各位讀者朋友們又見面了,今天給大家介紹一款圖片處理軟件——ImageJ,這是一款免費的科學圖像分析工具,廣泛應用于生物學研究領域。ImageJ軟件能夠對圖像進行縮放、旋轉、扭曲、模糊等處理,也可計算選定區域內分析對象的一系列幾何特征,包括長度、角度、周長、面積、長軸、短軸等等。更重要的是ImageJ的處理結果受到各種雜志的廣泛認可,不會出現造假的問題。下面介紹ImageJ的常用功能。(軟件下載鏈接:https://en.softonic.com/download/imagej/windows/post-download)

軟件下載解壓后可直接使用,還是先看一下ImageJ的界面,非常簡潔明了,有多種圖形和文字處理工具,可謂麻雀雖小五臟俱全。下面還是舉例說明軟件的常用功能。

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01 圖像基本變換

單擊菜單【File】→【Open】打開圖像文件,以大興機場圖片(中間為原始圖片)為例,對圖像進行4種基本處理,操作如下:

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a. 平滑處理:單擊菜單【Process】→【Smooth】,單擊菜單【File】→【Save As】選擇圖像格式(左);

b. 銳化處理:單擊菜單【Process】→【Sharpen】,單擊菜單【File】→【Save As】選擇圖像格式(右);

c. 改變圖像類型:單擊菜單【Image】→【Type】→選擇圖像類型(圖中為8-bit)單擊菜單【File】→【Save As】選擇圖像格式(上);

d. 色彩平衡:單擊菜單【Image】→【Ajust】→【Color Balance】,單擊菜單【File】→【Save As】選擇圖像格式(下)。

除了上述處理之外,ImageJ還能對圖像進行旋轉、縮放等操作,讀者可一一嘗試,在此不再贅述。

02 細胞計數

ImageJ能夠很方便地記錄圖片上的粒子個數,如細胞、病斑、孢子等等,下面以人體紅細胞圖片為例說明計數方法。

a. 改變圖像模式,打開圖片,單擊菜單【Image】→【Type】→【8 bit】,將圖片轉化成8位的灰度圖;

b. 調整圖片對比度,單擊菜單【Image】→【Ajust】→【Brightness/Contrast】,將圖片調整到合適的對比度,這里用了Auto來自動調整;

c. (可選)若圖片背景為黑色,則可單擊菜單【Edit】→【Invert】,將圖片變為白底;

d. 由于計數時只需要黑白兩種顏色,單擊菜單【Image】→【Ajust】→【Threthold】,用閾值算法將顏色合并來調整,這里也用了Auto來自動調整;

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e. 得到上述圖片后,先要確定圖片中粒子大小,這里小編介紹一種簡單辦法,單擊菜單【Analyze】→【Measure Panicles】,將粒子大小設置為1進行預計算,得到平均粒子大小186.7,然后以這個數值作為粒子大小重新計數,就能得到比較準確的粒子數目了。

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03 條帶灰度分析

ImageJ另外一個重要的功能是條帶灰度值分析(DNA或Western Blot條帶),下面講解具體做法。

a. 打開條帶圖片,單擊菜單【Image】→【Type】→【8 bit】,將圖片轉化成8位的灰度圖;

b. 矩形工具選擇要分析的條帶,單擊菜單【Analyze】→【Gels】→【Select First Lane】,選中后矩形框內會出現1的符號;

c. 單擊菜單【Analyze】→【Gels】→【Plot Lanes】,得到初始峰圖;

d. 用工具欄中的直線工具將峰圖下方封口,使其成為幾個獨立的區域,用魔棒工具分別點擊這幾個獨立的區域,得到最后的灰度值統計結果;

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e. 測量多個條帶的灰度值,可拖動圖中的矩形框,選中下一行條帶,單擊菜單【Analyze】→【Gels】→【Select Next Lane】,選中所有條帶后,同樣使用直線工具封口,魔棒工具點擊各區域得到面積,即灰度值;

f. 對數據做歸一化處理,這里由于16-20為對照,分別用1-15每個條帶的灰度值除以相應的對照,得到歸一化的灰度值;

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g. 最后在excel中整理數據,并在Prism中畫出相應的柱狀圖。(關于Prism的使用,請參看科研論文作圖之Graphpad Prism)

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04 圖片導出

ImageJ的圖片導出十分簡單,單擊菜單【File】→【Save As】,有Tiff, Gif, Png等各種常用的圖片格式,讀者可根據需要自行選擇。

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好了,ImageJ的使用就給大家帶來到這,另外給大家提供一個視頻教程:http://xy.bioon.com/course_video/Image-J-kuai-su-ru-men-ji-ji-ben-cao761484.html

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