以這個為例子解釋STAR參數含義

STAR 命令參數解釋

STAR \
--outFilterType BySJout \
--runThreadN 8 \
--outFilterMismatchNmax 2 \
--genomeDir <hg19_STARindex> \
--readFilesIn <un_aligned.fastq> \
--outFileNamePrefix <HEK293> \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts \
--outFilterMultimapNmax 1 \
--outFilterMatchNmin 16 \
--alignEndsType EndToEnd

1. --outFilterType BySJout:

   • 過濾類型，BySJout 表示只輸出通過Splice Junction過濾的reads。這對于檢測新的剪接位點非常有用。

2. --runThreadN 8:

   • 使用8個線程進行計算。多線程可以加速處理速度，特別是在多核處理器上。

3. --outFilterMismatchNmax 2:

   • 每個read允許的最大錯配數。如果一個read有超過2個錯配，則不會被輸出。這個參數控制比對的精確度。

4. --genomeDir <hg19_STARindex>:

   • 指定參考基因組索引的目錄。這里假設是hg19基因組的STAR索引。

5. --readFilesIn <un_aligned.fastq>:

   • 輸入的FASTQ文件，包含待比對的reads。

6. --outFileNamePrefix <HEK293>:

   • 輸出文件的前綴。所有輸出文件的名稱都會以這個前綴開始。

7. --outSAMtype BAM SortedByCoordinate:

   • 指定輸出文件類型和排序方式。這里輸出的文件格式為BAM，并按坐標排序。

8. --quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts:

   • TranscriptomeSAM：輸出轉錄組的比對結果（適用于下游轉錄組分析工具）。
   • GeneCounts：生成基因計數文件。

9. --outFilterMultimapNmax 1:

   • 每個read允許的最大多比對數（multimapping）。設為1意味著只保留唯一比對的reads。如果一個read比對到多個位置，則不會被輸出。

10. --outFilterMatchNmin 16:

    • 每個read的最小比對長度。如果一個read比對的長度小于16bp，則不會被輸出。這個參數控制比對的質量。

11. --alignEndsType EndToEnd:

    • 比對模式，EndToEnd 表示全長比對，要求read的兩端都比對到參考基因組。

是否保留多比對（multimapping）

根據參數 --outFilterMultimapNmax 1，該設置表明只保留唯一比對的reads。如果一個read比對到多個位置，則不會被輸出。因此，該命令配置沒有保留多比對的reads，只有唯一比對的reads會被保留和輸出。

總結

• --outFilterMultimapNmax 1 參數設定為1，意味著不保留多比對的reads，只保留唯一比對的reads。
• 其他參數控制比對的精確度、輸出格式和質量過濾標準。

通過這些設置，STAR將只輸出那些唯一比對到參考基因組的位置、且質量符合要求的reads。